La Basilica dei SS. Apostoli fu eretta probabilmente da papa Pelagio I dopo la cacciata dei Goti (secolo VI), restaurata da Martino V Colonna, da Sisto IV della Rovere e Pio IV Medici, fu quasi completamente ricostruita da Francesco Fontana.
La disadorna facciata neoclassica fu realizzata su disegno di Giuseppe Valadier (1827). E' preceduta da un grande portico, opera di Baccio Pontelli (fine del XV secolo), che si estende con nove arcate su due ordini differenti, il primo a pilastri ottagonali con lo stemma della famiglia Della Rovere nei capitelli, ed il secondo con semi colonne ioniche contro i pilastri, formante loggiato continuo. Questo fu chiuso da Carlo Rainaldi, che vi inserì ricche finestre barocche e vi aggiunse la balaustrata con le statue di "Cristo e i dodici Apostoli" (1681). L'interno, diviso in tre vaste navate da grandi pilastri e lesene corinzie abbinate, con tre cappelle per lato, ciascuna coperta da cupola, è splendente per decorazioni ed affreschi: si possono ammirare tra le altre le sculture di Canova.

Dal 2008 in un'intercapedine fra la chiesa ed un palazzo confinante sono visibili alcuni affreschi della Cappella Bessarione, attribuiti a Melozzo da Forlì, Antoniazzo Romano e loro botteghe. Ne restano due scene di storie di san Michele Arcangelo e parte di un coro di angeli. L'interstizio fu casualmente scoperto nel 1959 da Clemente Busiri Vici durante lavori di manutenzione effettuati nel confinante palazzo Colonna. La cappella, con i dipinti molto danneggiati dalle inondazioni del Tevere, e poi dal saccheggio dei lanzichenecchi, era stata praticamente murata con la costruzione della cappella Odescalchi nel 1719-23.

Questa cappella funeraria fu costruita nella metà del quattrocento per il Cardinale Bessarione con affreschi attribuiti ad Antoniazzo Romano e a Melozzo da Forlì. Nella volta si può ammirare il coro degli angeli e a destra e sinistra della Cappella due affreschi che sono la testimonianza importante della pittura rinascimentale. Il Coro degli Angeli nella volta è quasi completamente sparito. I due affreschi nella parte superiore dell'abside presentano scene alludenti all'arcangelo Michele come protettore contro il male. L'affresco di sinistra ci rappresenta la città di Siponto nel Gargano, cinta da mura e l'apparizione dell'Arcangelo nelle sembianze di un toro che lotta contro il male. Nella scena di destra, meglio conservata, si vede Mont Saint-Michel in alto a sinistra ed in primo piano il vescovo di Avranches, Sant'Auberto, con i paramenti vescovili in una processione solenne, accompagnato da due dignitari ecclesiastici. A destra sei monaci Francescani e cinque Basiliani in nero. Il santo mostra i tratti del re di Francia Luigi XI. I due dignitari dietro il santo sono Francesco della Rovere, il futuro papa Sisto IV (in veste purpurea) e suo nipote Giuliano della Rovere, il futuro papa Giulio II (in viola)