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Il Museo di Chimica è stato istituito nel 1986. All’epoca esisteva presso il Dipartimento di Chimica solo un piccolo box a vetri, dove vennero disposti su due scaffali apparecchiature ritenute interessanti ed un cartello con su scritto “Museo di Chimica”.

Nel 1988 il Dipartimento di Chimica assegnò al Museo un locale più grande, dove venne sistemato uno storico armadio a vetri dell’800, proveniente da via Panisperna (antica sede), nel quale vennero esposti i primi apparecchi. Contemporaneamente proseguiva la raccolta di strumenti e carte antiche; fra queste ultime ve ne sono alcune, risalenti al 1895, che testimoniano l'esistenza di alcuni progetti per la creazione di un "museo della scienza" nella città di Roma.

La nascita del Museo ha preso definitivamente il via con la costituzione del Dipartimento di Chimica, il quale cedette al Museo antiche apparecchiature, strumenti e prodotti chimici finora gelosamente conservati ed una serie di termometri al centesimo di grado della ditta Goulaz di Parigi, datati 1882-87. Le altre apparecchiature in dotazione al Museo sono i crioscopi, gli ebullioscopi, gli apparecchi per la determinazione della densità dei gas e per la determinazione della composizione centesimale delle molecole: tutti apparecchi della linea sperimentale necessaria per la determinazione dei pesi molecolari e dei pesi atomici.

Sempre da Via Panisperna al Museo sono giunte le tavole di G. Schroeder, stampate a Lipsia alle fine dell’800.