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Fu istituito nel 1873, in occasione delle celebrazioni per il IV centenario della nascita di Nicola Copernico, grande riformatore del sistema planetario.
Lo storico Arturo Waljnski curò la prima raccolta di cimeli copernicani ai quali nel tempo si aggiunsero donazioni e acquisti di antichi strumenti equelle parti di dotazione strumentale dell’Osservatorio che venivano sostituitecon materiale più moderno.Vi sono conservati astrolabi, cannocchiali, telescopi, meridiane, globiterrestri e celesti.
Una cospicua documentazione quindi dell’evoluzione degli strumenti utilizzati nel campo astronomico.

È presente anche una ricca biblioteca antica con libri molto rari come la prima edizione del Derevolutionibus orbium coelestium di Copernico.

Una seconda sede museale, ubicata presso l’Osservatorio Astronomico di MontePorzio, oltre ad una biblioteca di 15 mila volumi ed una collezione di rivisteastronomiche della seconda metà del ‘700, conserva una ricca raccoltafotografica di oggetti celesti con immagini in gran parte ottenute da sonde esatelliti artificiali.