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Il palazzo fu realizzato nel 1576 dalla famiglia Odescalchi.
Originariamente aveva otto finestre ed un portone decentrato a bugne rustiche con i gigli dei Farnese nella chiave ed un cornicione con i simboli degli Odescalchi sulla facciata principale. Acquistato successivamente da Mario Farnese nel 1606, fu venduto nel 1638 alla famiglia fiorentina dei Falconieri, trasferitasi a Roma e divenuta ricca e potente con l’appalto delle gabelle del sale. Tra il 1646 e il 1649 Borromini, su incarico di Orazio Falconieri, ampliò il palazzo aggiungendo sulla destra della facciata un portone cieco, simmetrico e simile a quello originario, su cui è un falco simbolo dei Falconieri, e altre tre finestre. Le estremità furono decorate con due erme colossali a testa di falco e seni femminili, allusione forse alla bellezza delle donne Falconieri. Dalla parte verso il Tevere fu aggiunta una nuova ala, con una loggia a tre archi terminante con una balaustra ornata di erme bifronti.

Estintasi la famiglia Falconieri nel 1865, il palazzo fu venduto ai Medici del Vascello. Nel 1890, in seguito ai lavori per la realizzazione dei muraglioni di Lungotevere, la parte verso il fiume subì notevoli modifiche. 
Acquistato dall’ungherese Vilmos Frankoi, fondatore dell’Istituto Storico-Geografico, fu ceduto nel 1927 al governo ungherese; dal 1928 vi ha sede l’Accademia di Ungheria.